复合食品包装材料残存的痕量重金属结合物严重威胁消费者健康。为了探明重金属结合物对生物大分子的影响及作用机理，研究了一定浓度的有机汞化合物（对氯汞苯甲酸，CMBA）使木瓜蛋白酶失活前后，该木瓜蛋白酶的结构变化。结果表明，经浓度为1×10-4 mol/L的CMBA处理后，木瓜蛋白酶的二级结构变化明显，其α-螺旋结构质量分数从43.4%急剧减少至4.2%，β-折叠、β-转角和无规卷曲质量分数从12.7%、16.0%和27.2%分别提高至40.0%、19.6%和36.2%，该酶二级结构成分由α+β型绝大部分转变为全β型。CMBA分子诱导木瓜蛋白酶L-链的α-螺旋结构趋向离散，构象松散，致使其天然构象遭到破坏，木瓜蛋白酶失活。经CMBA处理后的木瓜蛋白酶，其荧光光谱最大吸收峰红移7 nm，荧光强度降低显著，这是由色氨酸（Trp）残基被包埋在极性亲水环境下引起的。分子对接结果表明CMBA结合到木瓜蛋白酶的疏水活性口袋内，可与其中的甘氨酸（Gly）66形成氢键，与Trp26形成疏水键，该结果与光谱分析结果相一致。